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序列拼接中重复子串屏蔽的KMP算法
  • ISSN号:1000-1220
  • 期刊名称:《小型微型计算机系统》
  • 时间:0
  • 分类:TP18[自动化与计算机技术—控制科学与工程;自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
  • 作者机构:[1]华中科技大学计算机科学与技术学院,湖北武汉430074
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(70271069)资助.
中文摘要:

在序列拼接中,为了解决重复序列这个难题,本文提出了利用KMP匹配算法来识别并屏蔽重复序列的方法.该方法利用模式序列中的失效函数计算得到失效链接值,也就是当前一位置匹配失败后,下一次匹配开始的位置.利用这一函数避免了可预见的无用搜索,将穷举搜索算法所需的计算量大大减少.通过计算机模拟,验证了对重复序列的屏蔽,该算法将穷举算法所需时间复杂度由原来的减少到了.

英文摘要:

An approach based on KMP algorithm is proposed with the aim of dealing with the problem of the repeats during the sequence assembly. According to the failure function traits of KMP algorithm, this method can drastically decrease the CPU computation time to search the probable position of query sequences. Computer simulations have proved that the performance of this method is improved from to.

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期刊信息
  • 《小型微型计算机系统》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院沈阳计算技术研究所
  • 主编:林浒
  • 地址:沈阳市浑南新区南屏东路16号
  • 邮编:110168
  • 邮箱:xwjxt@sict.ac.cn
  • 电话:024-24696120 024-24696190-8870
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-1220
  • 国内统一刊号:ISSN:21-1106/TP
  • 邮发代号:8-108
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,中国科学引文数据库来源期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:23212