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基因组育种值估计的贝叶斯方法
  • ISSN号:0253-9772
  • 期刊名称:遗传
  • 时间:2014
  • 页码:111-118
  • 分类:S823.91[农业科学—畜牧学;农业科学—畜牧兽医]
  • 作者机构:[1]安徽省农业科学院畜牧兽医研究所,合肥230031, [2]中国农业大学动物科技学院,北京100193, [3]安徽农业大学动物科技学院,合肥230036
  • 相关基金:农业部948计划(编号:2011-G2A),教育部博士学科点专项科研基金项目(编号:20110008110001),国家高技术研究发展计划(863计划)项目(编号:2011AAl00302),国家自然科学基金项目(编号:31371258,31171200,31272418),国家农业科技成果转化资金项目(编号:2011GB2C300017),国家生猪产业技术体系(编号:CARS-36),科技富民强县专项行动计划,黎平黄牛品种资源保护与开发利用研究(编号:黔农育专字(2010)016号),安徽省现代农业项目,安徽省生猪产业技术体系,安徽省农业科学院成果推广项目(编号:13E0403),安徽省农业科学院院长杰出青年创新基金项目(编号:1380405)和安徽省农业科学院科技创新团队建设项目(编号:13C0405)资助
  • 相关项目:阈性状基因组育种值(gEBV)估计的贝叶斯方法
中文摘要:

基因组育种值估计是基因组选择的重要环节,基因组育种值的准确性是基因组选择成功应用的关键,而其准确性在很大程度上取决于估计方法。目前研究和应用最多的基因组育种值估计方法是贝叶斯(Bayes)和最佳线性无偏预测(BLUP)两大类方法。文章系统介绍了目前已提出的各种Bayes方法,并总结了该类方法的估计效果和各方面的改进。模拟数据和实际数据研究结果都表明,Bayes类方法估计基因组育种值的准确性优于BLUP类方法,特别对于存在较大效应QTL的性状其优势更qt显。由于Bayes方法的理论和计算过程相对复杂,目前其在实际育种中的运用不如BLUP类方法普遍,但随着快速算法的开发和计算机硬件的改进,计算问题有望得到解决;另外,随着对基因组和性状遗传结构研究的深入开展,能为Bayes方法提供更为准确的先验信息,从而使Bayes方法估计基因组育种值准确性的优势更加突出,应用将会更加广泛。

英文摘要:

Estimation of genomic breeding values is the key step in genomic selection. The successful application of genomic selection depends on the accuracy of genomic estimated breeding values, which is mostly determined by the estimation method. Bayes-type and BLUP-type methods are the two main methods which have beenwidely studied and used. Here, we systematically introduce the currently proposed Bayesian methods, and summarize their effectiveness and improvements. Results from both simulated and real data showed that the accuracies of Bayesian methods are higher than those of BLUP methods, especially for the traits which are in- fluenced by QTL with large effect. Because the theories and computation of Bayesian methods are relatively complicated, their use in practical breeding is less common than BLUP methods. However, with the develop- ment of fast algorithms and the improvement of computer hardware, the computational problem of Bayesian methods is expected to be solved. In addition, further studies on the genetic architecture of traits will provide Bayesian methods more accurate prior information, which will make their advantage in accuracy of genomie estimated breeding values more prominent. Therefore, the application of Bayesian methods will be more exten- sive.

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期刊信息
  • 《遗传》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国遗传学会
  • 主编:张永清
  • 地址:北京朝阳区北辰西路1号院中国科学院遗传发育所
  • 邮编:100101
  • 邮箱:yczz@genetics.ac.cn
  • 电话:010-64807669
  • 国际标准刊号:ISSN:0253-9772
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1913/R
  • 邮发代号:2-810
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,《CAJ-CD》执行优秀奖,2008年12月获“中国精品科技期刊”证书和北京市印...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
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