位置:成果数据库 > 期刊 > 期刊详情页
用4肽结构字预测蛋白质二级结构
  • ISSN号:1000-1638
  • 期刊名称:《内蒙古大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q61[生物学—生物物理学]
  • 作者机构:[1]内蒙古大学物理科学与技术学院,呼和浩特010021
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(90403010)
中文摘要:

介绍一种新的方法来预测蛋白质二级结构.该方法是基于4肽结构字的基础上,利用4肽结构字建立多样性源同时结合二次判别法来预测一个序列片段中心残基的二级结构,最后对预测后的结果进行修正.对1645个蛋白进行检验,其21残基片段中心残基,10折交叉检验的结果Q3^**(Q3score)达到79.68%.当考虑长程序列信息时,预测将会更精确.与其它预测软件相比较,显示了一定的优势.

英文摘要:

A novel method is proposed for predicting protein secondary seructure. Based on tetra-peptide structural words,the central residues for those sequence fragments are predicted using the method of diversity increment combined with quadratic discriminant analysis (for short IDQD). Finally,the correction program is given to the IDQD. The accuracy of Q3^** =79. 68% is achieved in the ten-fold cross-validated test for 21-residue fragments in the dataset of 1645 proteins. Moreover, the accuracy can be further improved by taking long-range sequence information into account in prediction. The results show that compared with the existing prediction methods, the method is more effectively on protein secondary structure prediction.

同期刊论文项目
期刊论文 36 会议论文 3 获奖 2 著作 1
同项目期刊论文
期刊信息
  • 《内蒙古大学学报:自然科学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:内蒙古自治区教育厅
  • 主办单位:内蒙古大学
  • 主编:李光鹏
  • 地址:呼和浩特市赛罕区大学西路235号
  • 邮编:010021
  • 邮箱:
  • 电话:
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-1638
  • 国内统一刊号:ISSN:15-1052/N
  • 邮发代号:16-67
  • 获奖情况:
  • 综合性科技类核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:6683