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人类基因组中可变和组成性剪接位点的预测
  • ISSN号:1000-3282
  • 期刊名称:《生物化学与生物物理进展》
  • 时间:0
  • 分类:Q61[生物学—生物物理学]
  • 作者机构:[1]内蒙古大学物理科学与技术学院,呼和浩特010021
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(10447003,90403010)和内蒙古自治区自然科学基金资助项目(200308020102).
中文摘要:

根据剪接位点的核酸序列保守特征,以及邻近位点的碱基组成和关联特性,结合一对可变剪接位点之间的距离参数和受体端剪接位点前30位碱基的GC和TC含量,利用结合多样性指标的二次判别方法(IDQD),预测了人类基因组中可变和组成性内含子的供体端和受体端的剪接位点,对可变的供体端和受体端剪接位点,阈值ξ选择-2时,总的预测精度分别为87.9%和89.9%,对组成性的供体端和受体端剪接位点,阈值ξ选择-1,总的预测精度分别为92.8%和94.3%.

英文摘要:

Based on the conservation of nucleotides at splice sites, the characteristics of base composition and base correlation in the adjacent segment sequences, the distance between alternative donor or acceptor splice sites and the content of GC and TC near splice sites, the donor and acceptor splice sites for alternative and constitutive introns are predicted by use of the method of diversity measure combined with quadratic discriminant analysis. For alternative splice sites the total prediction accuracies are 87.9% and 89.9% for donors and acceptors respectively (with the chosen threshold -2). For constitutive splice sites the total accuracy are 92.8% and 94.3% for donors and acceptors respectively (with the chosen threshold - 1 ).

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期刊信息
  • 《生物化学与生物物理进展》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院生物物理研究所 中国生物物理学会
  • 主编:王大成
  • 地址:北京市朝阳区大屯路15号
  • 邮编:100101
  • 邮箱:prog@sun5.ibp.ac.cn
  • 电话:010-64888459
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-3282
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2161/Q
  • 邮发代号:2-816
  • 获奖情况:
  • 1999年中国期刊奖提名奖,2000年中国科学院优秀期刊特别奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,美国科学引文索引(扩展库),美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:18821