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酵母基因组中核小体偏好序列的识别
  • ISSN号:1000-1638
  • 期刊名称:《内蒙古大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q523.8[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]内蒙古大学物理科学与技术学院,内蒙古呼和浩特010021
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(90403010).
中文摘要:

应用多样性增量结合二次判别分析(Increment of Diversity with Quadratic Discriminant analysis, IDQD)方法,对酵母基因组中的核小体强/弱偏好序列进行了识别。10交叉检验的预测成功率超过了97%,受试者操作特性(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积达到了0.99,预测成功率高于现有SVM算法。最后利用构建好的分类器对酵母基因组中三类包含TATA盒基因的起始密码子ATC上游400nt下游100nt区域进行了分析。结果表明,IDQD算法有能力应用于基因组中核小体序列的识别。

英文摘要:

The method of Increment of Diversity combined with Quadratic Discriminant analysis (IDQD) was used to predict the nueleosome strong/weak preference- sequences in yeast genome. The results of 10- fold cross- validation test gave an accuracy of 97% and the area under ROC (auROC) curves of 0.99. The accuracy is superior to that of the ettrrently published SVM method. Finally the classifier was applied in the analysis of regions around ATG for three types of TATA - containing genes in yeast genome. The above results show that the IDQD method is capable of recognizing nueleosome positioning sequences in yeast genome.

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期刊信息
  • 《内蒙古大学学报:自然科学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:内蒙古自治区教育厅
  • 主办单位:内蒙古大学
  • 主编:李光鹏
  • 地址:呼和浩特市赛罕区大学西路235号
  • 邮编:010021
  • 邮箱:
  • 电话:
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-1638
  • 国内统一刊号:ISSN:15-1052/N
  • 邮发代号:16-67
  • 获奖情况:
  • 综合性科技类核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:6683