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人类基因组盒式外显子和内含子保留的可变剪接位点预测
  • ISSN号:1000-6737
  • 期刊名称:《生物物理学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q61[生物学—生物物理学]
  • 作者机构:[1]内蒙古大学物理科学与技术学院,呼和浩特010021
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(10447003,90403010)和内蒙古自治区自然科学基金资助项目(200308020102)
中文摘要:

信使RNA的可变剪接是真核生物有别于原核生物的基本特征之一,信使RNA前体的可变剪接极大地丰富了高等真核生物蛋白质的多样性,并与生物体的组织特异性密切相关。文章对人类盒式外显子和内含子保留的一些基本特征进行了统计;根据剪接位点附近的单碱基、碱基二联体和三联体的保守性等特征,利用基于多样性指标的二次判别法,对盒式外显子和内含子保留的供体端和受体端可变剪接位点进行了预测。交叉检验结果表明,盒式外显子供体端和受体端的识别精度分别达到93%、84%以上的水平;内含子保留供体端和受体端的识别精度分别达到89%、81%以上的水平。

英文摘要:

Altemative splicing of mRNA is a basilic distinguishing feature between enkaryotes and prokaryotes, and alternative splicing of premessenger RNA exponentially expands proteomic diversity, at the same time it relates with tissue-specific process of organism. Here, the authors analysed some basic features of cassette exon and intron retention in human genome; and based on the conservation of nucleotides, di-nucleotides, and tri-nucleotides at splice sites the method of increment of diversity with quadratic discriminant analysis was used to predict the donor and acceptor splice sites of cassette exon and intron retention. The results showed cassette exon's prediction accuracy of alternative donor and acceptor splice sites have attained higher than 93% and 84% respectively; intron retention's prediction accuracy of alternative donor and acceptor splice sites have attained 89% and 81% respectively.

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期刊信息
  • 《生物物理学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科协
  • 主办单位:中国生物物理学会
  • 主编:沈恂
  • 地址:北京朝阳区大屯路15号生物物理研究所内
  • 邮编:100101
  • 邮箱:acta@sun5.ibp.ac.cn
  • 电话:010-64888458
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-6737
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1992/Q
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 二次获得中国科协优秀科技期刊奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:7189