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基于多软件融合方法的真核生物基因启动子预测
  • ISSN号:1671-8836
  • 期刊名称:武汉大学学报(理学版)
  • 时间:0
  • 页码:370-373
  • 语言:中文
  • 分类:TP181[自动化与计算机技术—控制科学与工程;自动化与计算机技术—控制理论与控制工程] Q344.13[生物学—遗传学]
  • 作者机构:[1]华中科技大学生命科学与技术学院/湖北省生物信息与分子成像重点实验室,湖北武汉430074
  • 相关基金:国家自然科学基金重大研究计划项目(90608020),科技部国家科技基础条件平台建设专项项目,国家大学生创新实验计划支持项目
  • 相关项目:人类遗传疾病相关基因的生物信息学分析与预测
中文摘要:

基于多个软件的预测结果,提出了一种融合方法(ComPromoter)提高真核生物基因启动子的预测精度.ComPromoter以ProKey、FirstEF和Eponine等软件对启动子的预测结果为基础,融合了可用于启动子识别的多个特征(包括ProKey预测结果中真阳性和假阳性的出现频率随投票距离以及预测分值变化的统计特征),并利用支持向量机构建了启动子预测模型.在人类ENCODE区域测试数据集上测试的结果显示,ComPromoter的Pearson相关系数CC值高于所融合的单个启动子预测软件.

英文摘要:

A new method, named ComPromoter, is proposed to combine several promoter predictors for improving the prediction accuracy of eukaryotic promoter. Based on the outputs of three promoter predictors including ProKey, FirstEF and Eponine, ComPromoter integrated several features, including the relationship between the occurrence frequencies of outputs (including true positives and false positives) of ProKey and the voting distances, and the relationship between the occurrence frequencies of outputs of ProKey and prediction scores. Testing results on the human ENCODE test regions showed that ComProrooter could achieve higher Pearson correlation coefficient (CC) than any combined promoter predictor.

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期刊信息
  • 《武汉大学学报:理学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国2教育部
  • 主办单位:武汉大学
  • 主编:刘经南
  • 地址:湖北武昌珞珈山
  • 邮编:430072
  • 邮箱:whdz@whu.edu.cn
  • 电话:027-68756952
  • 国际标准刊号:ISSN:1671-8836
  • 国内统一刊号:ISSN:42-1674/N
  • 邮发代号:38-8
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:6988