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基于序列特征预测先天性糖基化紊乱疾病基因
  • ISSN号:1671-4512
  • 期刊名称:华中科技大学学报(自然科学版)
  • 时间:0
  • 页码:120-124
  • 语言:中文
  • 分类:R318.04[医药卫生—生物医学工程;医药卫生—基础医学]
  • 作者机构:[1]华中科技大学湖北省生物信息与分子成像重点实验室,湖北武汉430074
  • 相关基金:国家自然科学基金重大研究计划资助项目(90608020);高等学校博士学科点专项科研基金资助项目(20050487037);国家科技基金条件平台资助项目(2005DKA64001);教育部新世纪优秀人才支持计划资助项目(MCET-06051).
  • 相关项目:人类遗传疾病相关基因的生物信息学分析与预测
作者: 龙伟|周艳红|
中文摘要:

选取mRNA和protein序列的330个物化特征进行研究,发现某些特征在已知的先天性糖基化紊乱(CDG)疾病基因中具有共同显著性差异.基于这个特点设计了一种新的CDG疾病基因预测方法,留一法交叉验证结果表明该方法能够有效地从众多候选基因中预测出真实的CDG基因,效果略优于其他预测方法.本方法只需要知道mRNA和protein的序列数据,弥补了目前蛋白质功能、相互作用等数据不足或不可靠的缺陷.进一步对其他疾病基因的预测结果表明本方法具有一定的推广性.

英文摘要:

Chosed 330 physical and chemic features of mRNA and protein, and found certain of them show similar significant differences on known disease genes of congenital disorders of glycosylation (CDG). This property was used to develop a novel approach to predicting CDG disease genes. The results of leave-one-out cross-validation demonstrated that this approach could slightly detect actual CDG disease;genes from numbers of candidate genes, and its effect exceeds other approaches'. This approach is merely based on mRNA and protein sequences, remedied the present existing defect caused by incomplete or unreliable data of protein functions and interactions and so on. This approach is used to predict other diseases' genes and the results indicate that it has certain applicability

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期刊信息
  • 《华中科技大学学报:自然科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:华中科技大学
  • 主编:丁烈云
  • 地址:武汉珞喻路1037号
  • 邮编:430074
  • 邮箱:hgxbs@mail.hust.edu.cn
  • 电话:027-87543916 87544294
  • 国际标准刊号:ISSN:1671-4512
  • 国内统一刊号:ISSN:42-1658/N
  • 邮发代号:38-9
  • 获奖情况:
  • 全国优秀科技期刊,首届国家期刊奖,第二届全国优秀科技期刊评比一等奖,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:21013