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基于可视化图形特征融合的蛋白质组学质谱数据分析
  • ISSN号:1007-791X
  • 期刊名称:《燕山大学学报》
  • 时间:0
  • 分类:TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]燕山大学电气工程学院,河北秦皇岛066004, [2]燕山大学车辆与能源学院,河北秦皇岛066004
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(60474065:60671025);河北省自然科学基金资助项目(A1217)
中文摘要:

近年来,对蛋白质组学质谱数据进行模式识别成为癌症诊断的一种新方法,由此发现的新生物标记物已经成功用于多种重大疾病的早期预测。这种方法的两个难点是:如何提取能够明显区分不同类别的特征,如何有效处理谱数据中大量的特征。本文提出基于多元图形特征融合的方法对蛋白质组学质谱高维数据进行可视化降维处理。在对质谱数据进行必要的预处理后,选择部分原始特征并将其映射到多元图表示域。通过多层递阶图形特征选择与提取得到最终的多元图癌症诊断模板。采用国际公开卵巢癌高通量数据集进行验证,得到了较好的分类效果。

英文摘要:

Protein mass spectra pattern recognition has recentoy emerged as a new method for cancer diagnosis. Applicationofproteomic mass spectra coupled with pattern classification techniques to discover novel biomarkers has been successfully used for the predictive diagnoses of several cancer diseases. However, the extraction of good features that can represent the identities of different classes plays the frontal critical factor for effective classification. In addition, another major problem is how to effectively handle a large number of features. In this paper, a method based on graphical multivariate feature fusion is proposed and used to offer a visual representation of high dimensional data. The graphical processing method relies on using a multilayered structure of feature fusion which produces as output of the lower dimensional representation. Feature fusion is implemented by combining method of feature selection and feature extraction. The proposed methodology was tested using public MS-based cancer datasets and the results are promising.

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期刊信息
  • 《燕山大学学报》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:河北省教育厅
  • 主办单位:燕山大学
  • 主编:张福成
  • 地址:河北省秦皇岛市燕山大学期刊社
  • 邮编:066004
  • 邮箱:xuebao@ysu.edu.cn
  • 电话:0335-8057043
  • 国际标准刊号:ISSN:1007-791X
  • 国内统一刊号:ISSN:13-1219/N
  • 邮发代号:18-73
  • 获奖情况:
  • 2009年获2004-2008年度河北省教育系统优秀期刊奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:3409