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基于信息论k—modes聚类法的基因表达数据分析
  • ISSN号:1002-1582
  • 期刊名称:《光学技术》
  • 时间:0
  • 分类:Q786[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]燕山大学信息科学与工程学院,河北秦皇岛066004
  • 相关基金:国家自然科学基金(60474065,60671025).
中文摘要:

k-均值聚类算法是一种广泛应用于基因表达数据聚类分析中的迭代变换算法,它通常用距离法来表示基因间的关系,但不能有效的反应基因间的相互依赖的关系。为此,提出基于信息论的k-modes聚类算法,克服了以上缺点。另外,还引入了伪F统计量,一方面,可以对空间中有部分重叠的点进行有效的分类;另一方面,可以给出最佳聚类数目,从而弥补了k-modes聚类法的不足。使其成为一种非常有效的算法,从而达到较优的聚类效果。

英文摘要:

K- means clustering algorithm is an iterative transformation algorithm which is widely applied in gene expression data clustering analysis, it measures the relationship between genes by distance, but which can not reflect the interdependence relationship of genes effectively. For this, an attribute clustering algorithm - k - modes based on information theory was proposed, which overcomes the demerits mentioned above. In addition, we have also introduced pseudo F - statistics, on the one hand, some of the overlapping points in space realizes effective classification; on the other hand, it can give the best clustering number, thereby making up for the shortage of k - modes clustering method. All of these merits made the proposed method very effective to achieve optimum clustering effect.

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期刊信息
  • 《光学技术》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:国防科工委
  • 主办单位:中国兵工学会 北京理工大学 中国北方光电工业总公司
  • 主编:夏阳
  • 地址:北京海淀中关村南大街5号
  • 邮编:100081
  • 邮箱:gxjs@bit.edu.cn
  • 电话:010-68913628 68948720
  • 国际标准刊号:ISSN:1002-1582
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1879/O4
  • 邮发代号:2-830
  • 获奖情况:
  • 中国兵器工业总公司优秀期刊一等奖,首届国防科工委优秀期刊二等奖,美国工程索引(EI)对本刊论文的收录率为87%
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:12855