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基于隐马尔可夫模型的DNA序列识别
  • ISSN号:1000-565X
  • 期刊名称:《华南理工大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:TP18[自动化与计算机技术—控制科学与工程;自动化与计算机技术—控制理论与控制工程] O29[理学—应用数学;理学—数学]
  • 作者机构:[1]重庆工商大学计算机科学与信息工程学院,重庆400067, [2]中山大学数学与计算科学学院,广东广州510275, [3]重庆工商大学实验实习中心,重庆400067
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(10371135);重庆市教育委员会科学技术研究项目(KJ0707022)
中文摘要:

利用隐马尔可夫模型训练中不同结构的DNA序列的L值分布范围不同的特点,对传统多类投票模型进行改进,提出一种优于传统算法的快速训练算法,该算法只需训练出一类隐马尔可夫模型参数.对DNA内含子和外显子序列进行识别,平均识别率达到了90.8%.与支持向量机相比,隐马尔可夫模型在解决多分类问题方面具有优势,不但计算时间少,而且识别率高.

英文摘要:

According to the distribution variation of the L value with the DNA sequence structure in the hidden Markov model (HMM) training and by improving the traditional muhiclass vote model, a fast training algorithm superior to the traditional One is proposed to recognize the intron and exon of the DNA sequence. The proposed algorithm only need to train one class of parameter of HMM model and the average accuracy rate of it reaches 90. 8%. As compared with the support vector machine, the proposed HMM model is more feasible in the multiclass classification and is of less time cost and higher recognition rate.

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期刊信息
  • 《华南理工大学学报:自然科学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:国家教育部科技司
  • 主办单位:华南理工大学
  • 主编:李元元
  • 地址:广州市天河区五山路华南理工大学17号楼
  • 邮编:510640
  • 邮箱:journal@scut.edu.cn
  • 电话:
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-565X
  • 国内统一刊号:ISSN:44-1251/T
  • 邮发代号:46-174
  • 获奖情况:
  • 本学报荣获1996年国家教委系统优秀科技期刊二等奖...,1999年荣获全国优秀高校自然科学学报及教育部优秀...,2001年荣获广东省优秀期刊奖和广东省优秀科技期刊...,2004年获全国高校优秀科技期刊二等奖,2006年获首届教育部优秀科技期刊奖,2008年荣获第二届教育部优秀科技期刊奖
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:22954