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马铃薯全基因组LTR反转录转座子分析
  • ISSN号：0439-8114
  • 期刊名称：《湖北农业科学》
  • 时间：0
  • 分类：S[农业科学]
  • 作者机构：[1]洛阳师范学院生命科学系, [2]郑州大学河南省离子束生物工程重点实验室
  • 相关基金：国家自然科学基金项目(30800204)
作者： 李智菲, 李卫涛[2], 押辉远[1]
关键词： LTR反转录转座子, 马铃薯(Solanum, tuberosum), 基因组, 系统发育树, LTR retrotransposons, potato(Solanum tuberosum), genome, phylogenetic tree
中文摘要：

采用LTR-FINDER软件对马铃薯(Solanum tuberosum)全基因组中的LTR反转录转座子进行分析,共发现4 725个全长LTR反转录转座子,平均长度约7 393 bp,其中反转录转座子的LTR平均长度为786 bp,全长LTR反转录转座子总碱基数约占马铃薯全基因组碱基数的4.95%。系统发育分析结果显示马铃薯LTR反转录转座子具有较高的遗传多样性和异质性。

英文摘要：

LTR retrotransposons in potato(Solanum tuberosum) genome were analyzed by LTR-FINDER software.Results showed that there were 4 725 full-length LTR retrotransposons with average length of 7 393 bp,accounting for about 4.95% of potato genome bases.The length of LTR in LTR retrotransposons was 786 bp.Phylogenetic tree showed that LTR retrotransposons of potato had high genetic diversity and high heterogeneity.

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期刊信息
  • 《湖北农业科学》
  • 北大核心期刊（2011版）
  • 主管单位:湖北省农业科学院
  • 主办单位:湖北省农业科学院 华中农业大学 长江大学
  • 主编：焦春海
  • 地址：武汉市武昌南湖瑶苑1号省农业科学院内
  • 邮编：430064
  • 邮箱：hbnykxxzz@126.com
  • 电话：027-87389334
  • 国际标准刊号：ISSN：0439-8114
  • 国内统一刊号：ISSN：42-1255/S
  • 邮发代号:38-21
  • 获奖情况:
  • 国家期刊奖,全国农业核心期刊,湖北省优秀期刊,中国期刊方阵“双高”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊（2004版）,中国北大核心期刊（2008版）,中国北大核心期刊（2011版）,中国北大核心期刊（2000版）
  • 被引量:30537