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群体遗传学研究中STR数据的统计方法应用
  • ISSN号:0253-9772
  • 期刊名称:《遗传》
  • 时间:0
  • 分类:Q347[生物学—遗传学]
  • 作者机构:[1]西安交通大学卫生部法医学重点实验室,西安710061
  • 相关基金:教育部科技基础资源数据平台建设项目“中华民族群体遗传资源数据整合共享平台”(编号:505015)
中文摘要:

STR作为遗传多态性较高的标记,被广泛地运用于群体遗传学的研究。对于STR分型产生的基因型频率及等位基因频率数据,文章总结了各种参数指标的计算及分析方法。其中参数指标包括杂合度、多态信息量、连锁不平衡系数、近交系数、遗传距离以及固定指数等;分析方法包括主成分分析、系统发生树、分子方差分析、R矩阵、地理信息系统以及空间自相关分析。通过这些参数指标及分析方法的使用,可以既直观又科学地揭示群体遗传结构、群体间遗传分化以及人类起源与进化等群体遗传学中研究的关键问题。

英文摘要:

As high polymorphism markers, STR loci have been widely used in studying population genetics. This review summarizes various genetic diversity parameters and analysis methods regarding to genotype frequency and allele frequency, including heterozygosity, polymorphism information content (PIC), linkage disequilibrium coefficients, inbreeding coefficients, genetic distance and fixation indices. The methods of statistical analysis included principal component analysis, phylogenetic trees, analysis of molecular variance (AMOVA), R matrix, GIS and spatial autocorrelation. By means of vari- ous parameters and methods, graphically and scientifically, we can describe and interpret several key issues in the study of population genetics, such as population genetic structure, population differentiation and human evolution.

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期刊信息
  • 《遗传》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国遗传学会
  • 主编:张永清
  • 地址:北京朝阳区北辰西路1号院中国科学院遗传发育所
  • 邮编:100101
  • 邮箱:yczz@genetics.ac.cn
  • 电话:010-64807669
  • 国际标准刊号:ISSN:0253-9772
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1913/R
  • 邮发代号:2-810
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,《CAJ-CD》执行优秀奖,2008年12月获“中国精品科技期刊”证书和北京市印...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:23270