在国际合作社运动中,合作社几乎"先天"地与政府有着纠缠不清的关系。目前,无论国际合作经济学界或是国际合作社联盟,都积极倡导政府与合作社形成有效的合作伙伴关系。作为一种政府主导型制度创新,我国农民合作社从一开始就与政府衍生出十分复杂的联系。近年来,政府对农民合作社发展期望日重,介入颇深,影响甚大。各级政府部门(包括相关立法机构)在农民合作社发展中往往扮演如下角色:(1)合作社的法律、行政和政治合法性的赋予者;(2)鼓励和支持合作社发展的公共财政扶持者;(3)合作社发展的战略指导者;(4)相关公共服务的提供者;(5)有时,一些基层政府甚至可能承担类似准合作社企业家的角色,较为直接地介入合作社的具体运营。