该项目的目标是使用比较基因组方法,参考人类基因组序列及其注释,对2005年发表的0.66X猪基因组序列进行注释,构建基于低覆盖度基因组序列的哺乳动物基因组注释流程。我们开发了一项基于计算生物学方法和手工注释相结合的基因树构建方法(Treefam),和一个用于物种间序列比对的软件(CAT),建立起人与猪基因组中直系同源基因集。并根据这些同源基因,构建猪的全基因组芯片来验证注释的正确性。此外,我们还构建了资源数据库www.piggis.org,存放基因组数据及其注释结果,为猪基因组研究提供丰富的数据资源和良好的前期研究基础。
英文主题词pig genome; gene annotation; microarray