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暂态混沌神经网络在蛋白质关联图预测中应用研究
  • ISSN号:1000-1220
  • 期刊名称:《小型微型计算机系统》
  • 时间:0
  • 分类:TP18[自动化与计算机技术—控制科学与工程;自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
  • 作者机构:[1]吉林大学计算机科学与技术学院,吉林长春130012, [2]吉林大学计算中心,吉林长春130012, [3]北华大学计算机科学与技术学院,吉林吉林132021
  • 相关基金:国家自然科学基金重点项目(60433020)资助;国家自然科学基金项目(60175024,60773095)资助.
中文摘要:

蛋白质结构预测是生物信息学的一个主要研究方向,而蛋白质关联图预测是其中的一个重要内容.针对蛋白质关联图预测问题,提出一种暂态混沌神经网络实现方法,所提出的方法具有暂态混沌特性和平稳收敛特性,能有效避免传统Hopfield神经网络极易陷入局部极值的缺陷.它通过短暂的倒分叉过程,能很快进入稳定收敛状态.仿真结果表明:暂态混沌神经网络解决蛋白质关联图预测问题时,总能收敛到全局最优或几乎接近全局最优,同时具有更高的搜索效率.这种方法预测精度达到0.27,比随机预测器高9倍.

英文摘要:

The protein structure prediction is a main direction in bioinformaties, and the prediction of protein contact maps is an important content in protein structure prediction. A algorithm based on transiently chaotic neural network is proposed to solve the protein contact maps problem. The proposed neural networks have many merits which are transient chaos and stable con- vergence etc. so as to overcome the drawbacks of easily getting stuck in local minim in conventional Hopfield neural networks. It can reach a stable convergent state after shortly reversed bifurcations. Simulation of protein contact maps problem show the transiently chaotic neural network has higher ability to search for global optimal or near-optimal solution and higher efficiency of searching than Hopfield neural networks. The method could assign protein contacts wkh an average accuracy of 0. 27 and with an improvement over a random predictor of a factor greater than 9.

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期刊信息
  • 《小型微型计算机系统》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院沈阳计算技术研究所
  • 主编:林浒
  • 地址:沈阳市浑南新区南屏东路16号
  • 邮编:110168
  • 邮箱:xwjxt@sict.ac.cn
  • 电话:024-24696120 024-24696190-8870
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-1220
  • 国内统一刊号:ISSN:21-1106/TP
  • 邮发代号:8-108
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,中国科学引文数据库来源期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:23212