自主创新已上升为我国的国家战略,提高自主创新能力,优化科技资源配置是其关键。以区域自主创新和科技资源配置理论为基础,从科技投入资源、科技环境资源、科技产出资源三方面分析区域科技资源配置与自主创新的关系。在构建面向自主创新的区域科技资源优化配置模式的基础上,从主体数量和主体协同程度两个维度提出了区域科技资源优化配置的单一驱动模式、联合驱动模式和协同模式等三种模式类型。并从建立以政府牵头协同创新为引导的科技资源配置机制,建立以自主创新需求为导向的科技资源配置制度,建立以重大自主创新项目为重点的科技资源配置制度,打造科技资源配置与自主创新相结合的一体化平台,完善科技资源产权管理制度等方面提出了我国区域科技资源优化配置的对策。