文章通过对金融结构影响自主创新能力微观机制的分析,运用中国1980-2004年的时间序列数据,对理论假设进行实证检验。理论分析和实证检验都说明金融结构和自主创新之间存在长期稳定的关系,但是金融结构对自主创新能力的影响作用并不显著。文章提出:应该把金融发展目标集中于改善金融体系的运行效率以及加强对金融体系法律保护制度的建设方面.才能够更加有利于金融对自主创新的促进作用。