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蝗虫肠道微生物总DNA提取方法的比较
  • ISSN号:2095-1353
  • 期刊名称:《应用昆虫学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q145[生物学—生态学;生物学—普通生物学] S792.14[农业科学—林木遗传育种;农业科学—林学]
  • 作者机构:[1]山西大学应用生物学研究所,太原030006, [2]上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态学与基因组学实验室,上海200240
  • 相关基金:国家自然科学基金(30570247),国家自然科学基金(30770239).
中文摘要:

采用Bead beating法和QIAamp DNA stool mini kit法提取蝗虫肠道微生物总DNA,并对2种方法提取DNA的得率、完整性以及16SrRNA基因扩增产物的变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)图谱等进行综合比较。结果表明,Bead beating法提取DNA的得率显著高于QIAamp DNA stool mini kit法(P=0.042),而QIAamp DNA stool mini kit法提取DNA片段更完整。PCR-DGGE检测微生物多样性结果显示,QIAamp DNA stool mini kit法提取DNA所代表的微生物群落多样性略高于Bead beating法,但Mann-Whitley统计学检验表明用2种方法检测蝗虫肠道微生物多样性无显著差异(P=0.17)。因此在蝗虫肠道微生物群落多样性的检测中QIAamp DNA stool mini kit法具一定的优势,而Bead beating法同样适用。

英文摘要:

The effectiveness of two DNA extraction methods, bead beating and QIAamp DNA stool mini kit for isolation of the total microbial DNA from grasshopper guts, were compared. The two methods were evaluated comprehensively for their yield, integrality and readiness for subsequent analysis by polymerase chain reaction- denatured gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE) of the bacterial communities. The results showed that the hindgut DNA yield by bead beating method was significantly higher ( P 〈 0.05) than that of QIAamp DNA stool mini kit method, while the QIAamp DNA stool mini kit method produced DNA of larger size. In PCR-DGGE analysis, Mann- Whitley test (P = 0.17 ) showed that DNA extracted with QIAamp DNA stool mini kit revealed a more diverse microbial community, but there was no significant difference between the two methods. Consequently, the two methods are both suitable for analyzing the microbial community in grasshopper guts.

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期刊信息
  • 《应用昆虫学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国昆虫学会 中国科学院动物研究所
  • 主编:戈峰
  • 地址:北京朝阳区北辰西路1号院5号中科院动物所
  • 邮编:100101
  • 邮箱:entom@ioz.ac.cn
  • 电话:010-64807137
  • 国际标准刊号:ISSN:2095-1353
  • 国内统一刊号:ISSN:11-6020/Q
  • 邮发代号:2-151
  • 获奖情况:
  • 96、2000年获中科院《优秀期刊三等奖》,92年获中国科协《优秀学术期刊一等奖》,2001进入“中国期刊”方阵,“双百”期刊,排名第96位
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国剑桥科学文摘,美国生物科学数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:3170