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求解非格点模型的蛋白质结构预测问题的拟物拟人算法
  • ISSN号:1000-1220
  • 期刊名称:《小型微型计算机系统》
  • 时间:0
  • 分类:TP301.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]华中科技大学计算机学院,湖北武汉430074, [2]衡阳师范学院数学系,湖南衡阳421008
  • 相关基金:国家“九七三”项目(2004CB318000)资助;国家自然科学基金项目(10471051)资助.
中文摘要:

本文研究了一个具有两种氨基酸(疏水氨基酸和亲水氨基酸)的三维非格点的蛋白质模型.受物理世界的物体间相互作用的规律和人类社会生活经验的启发,给出了该模型蛋白质结构预测问题的拟物拟人算法.计算结果表明被提出的方法在非格点的蛋白质模型上是有效的.与文献中给出的所有算例的结果相比,无论是在最低能量值还是在计算时间上,本文算法都要好.对于这些算例中规模最大的3个,还找到了与文献中结构完全不同的最低能量构形.

英文摘要:

A three-dimensional off-lattice protein model is studied. The model has two species of different amino acids, hydrophobic and hydrophilic. Enlightened by the law of reciprocity among things in the physics world and human society, a related quasi-physical and quasi-human algorithm is formulated. Experimental results demonstrate that the proposed method is quite effective in solving the off-lattice protein structure prediction problem. Compared with the results of all instances in literatures, the proposed algorithm can get better results with respect to not only the lowest energy but also runtime. For three of these instances ,the algorithm finds new lowest energy configurations different from those in references.

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期刊信息
  • 《小型微型计算机系统》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院沈阳计算技术研究所
  • 主编:林浒
  • 地址:沈阳市浑南新区南屏东路16号
  • 邮编:110168
  • 邮箱:xwjxt@sict.ac.cn
  • 电话:024-24696120 024-24696190-8870
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-1220
  • 国内统一刊号:ISSN:21-1106/TP
  • 邮发代号:8-108
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,中国科学引文数据库来源期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:23212