运用DEA方法测度了1999—2008年我国原创性高新技术产业在创新链不同阶段的技术效率、规模效应、投入与产出的冗余与松弛状况。研究发现,我国原创性高新技术产业的成果转化效率已落后于技术开发效率。大部分行业都存在科技成果转化效率偏低的问题。技术开发阶段存在原创性产出不足,成果转化阶段存在竞争性产出不足。两个阶段的不同行业技术效率低的原因各不相同,大部分行业处于规模递增阶段。在此基础上提出了有效提高我国原创性高新技术产业技术效率的政策建议。