本文通过分析在全面营改增的背景下,地方政府在财政压力不断增加、非税收入增速较快、债务规模不断扩大等方面可能出现的财政风险,并针对地方税制结构出现的问题提出应从两方面完善地方税收体系:一方面是从调整直接税与间接税的结构出发进行自然人税收征管的制度设计;另一方面是从绿色税制的角度出发,将以前列入非税收入的水资源费改为水资源税,纳入资源税管理,从而完善全面营改增后地方主体税种缺失、税制结构的问题及防范地方财政风险的发生。