复杂系统理论不属于一般的经验科学,而是一门方法论性质的科学,这便决定了它具有“科学-哲学”的双重性质。复杂性主要是关于自组织系统的,而自组织系统有两个基本方面即自组织的过程和自组织的结果;这使复杂性具有另一种二重性,即历时的复杂性和共时的复杂性。哈肯的协同学是复杂系统理论的一个重要领域,但由于哈肯没有明确区分自组织或复杂性的两个方面,致使其理论存在不少含混欠妥之处。