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基于投票表决特征融合的蛋白质结构类预测
  • ISSN号:1003-4978
  • 期刊名称:《河南大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q617[生物学—生物物理学]
  • 作者机构:[1]西北工业大学自动化学院,西安710072
  • 相关基金:国家自然科学基金资助(60372085)和陕西省科学技术研究发展计划项目(2006K04-G14)资助
中文摘要:

根据氨基酸的物化特性,基于氨基酸组成成分与氨基酸残基指数自相关函数相结合特征提取法,从非同源蛋白质序列中提取7个特征集(COMP、FINA、MAXF、NAKH、BIOV、OOBM、RICJ),采用有先验知识的投票表决特征融合算法融合这7个特征集,对蛋白质结构类进行预测.结果表明,投票表决融合算法的预测总精度及每一类别的预测精度与7个特征集相比较均有不同程度的提高,说明投票表决融合算法在一定程度上能较多地反映蛋白质的空间结构信息.

英文摘要:

According to physicochemical properties of amino acid, the approach of feature extraction of incorporating amino acid composition with different auto-correlation functions has been introduced to predict non-homologous protein structural classes, and seven feature sets(COMP, FINA, MAXF, NAKH, BIOV, OOBM, RICJ )could be gained. We have combined multiple features using voting based on information algorithm to predict protein structural classes. The comparisons of the predictive results from the fusion of multiple features and each parameter data set show that the total predictive accuracies and each class predictive accuracy are remarkably improved by voting based on information algorithm. To some extent, fusion of multiple features can reflect more protein spatial information.

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期刊信息
  • 《河南大学学报:自然科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:河南省教育厅
  • 主办单位:河南大学
  • 主编:乔家君
  • 地址:河南省开封市明伦街85号
  • 邮编:475001
  • 邮箱:xbzrb@henu.edu.cn
  • 电话:0378-2860394
  • 国际标准刊号:ISSN:1003-4978
  • 国内统一刊号:ISSN:41-1100/N
  • 邮发代号:36-27
  • 获奖情况:
  • 河南省优秀科技期刊一等奖,河南省高校优秀自然科学学报,全国学术期刊规范执行优秀奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),德国数学文摘,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版)
  • 被引量:5635