位置:成果数据库 > 期刊 > 期刊详情页
Tm值差异型不对称PCR方法的建立及其在分子诊断中的应用
  • ISSN号:0438-0479
  • 期刊名称:《厦门大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q755[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]华侨大学生物医学学院分子药物研究院,教育部分子药物研究中心,福建泉州362021, [2]南京军区南京总医院药理科,江苏南京210002, [3]中国药科大学药物分析教研室,药物质量与安全预警教育部重点实验室,江苏南京210009
  • 相关基金:国家自然科学基金(31200979,81271691,82170734,30973591); 国家国际科技合作项目(2011DFG33320); 福建省自然科学基金(2016Y0063); 江苏省基础研究计划(自然科学基金)项目(BK20151445); 中国博士后科学基金(2012M512179,2013T6092);中国博士后科学基金特别资助(2013T60962); 药物质量与安全预警教育部重点实验室项目(MKLDP2013MS01); 江苏省青蓝工程项目; 中央高校基本科研业务费专项(ZQN-PY319,2015ZD008); 华侨大学高层次人才启动项目(09BS624)
中文摘要:

多数分子诊断方法对靶基因的检测都是以单链DNA为基础的,如何获得大量和高质量的单链靶DNA分子一直是研究热点.以包含BRCA1基因上3个单核苷酸多态性(SNP)的DNA片段为研究对象,通过调整不对称扩增引物碱基序列组成(5′-端引入错配或加入锁核苷酸(locked nucleic acid,LNA)),使用相差10倍浓度来增加不对称引物间Tm值差异,改进扩增条件(添加增强剂的扩增缓冲液,不同退火温度的二阶循环扩增程序)后,进行不对称扩增来产生大量单链靶DNA产物.结果表明Tm差异型不对称PCR(Tm difference asymmetric PCR,TDA-PCR)可有效提高单链DNA分子产率,降低引物设计难度,也扩大了模板序列的适用范围.此外,还针对禽流感病毒H5N1的血凝素(haemagglutinin)HA基因保守序列进行不对称扩增,用获得的单链DNA为模板进行焦磷酸测序检测,所得结果与参考序列一致且无明显干扰信号.因此,采用Tm值差异型不对称PCR可使焦磷酸测序等分子诊断流程更为简便,成本更低,效率更高,具有很好的通用性和实用性.

英文摘要:

Detection of single-stranded DNA (ssDNA)is the basis of many molecular diagnostic methods,and how to obtain enough and high quality ssDNA has been one of the hot research topics.In this paper,several sections of DNA (containing one of the three SNPs of BRCA1 gene respectively)were as the research subj ects,we carefully optimized the sequences of primers (introducing mis-match bases at the 5'-end of the primers or introducing locked nucleic acid (LNA)into excess primers)and adj usted the concentra-tion of the primers (10 times difference between the excess primer and the limiting primer)to generate the difference of Tm between the excess primer and the limiting primer (3-8 ℃),and the amplification program was also improved (some PCR enhancers were added into the reaction mixture and a two-stage amplification procedure with two annealing temperatures),then the Tm difference asymmetric PCR (TDA-PCR)method was used and a large number of target ssDNA molecules were produced.The results showed that TDA-PCR could steadily increase the productivity of the ssDNA molecules,and it became easier than linear-after-the-exponen-tial-PCR (LATE-PCR)for the easier primer designing and the more target DNA producing.This assay amplified the conserved se-quence of the influenza HA gene using TDA-PCR,and pyrosequencing method was used to detect the conserved sequence.The pyro-grams obtained were of high quality and consistent with the reference sequence,indicating that TDA-PCR not only prepares ssDNA templates for pyrosequencing more easily and more efficiently,but also has good practicality and versatility.

同期刊论文项目
期刊论文 26 会议论文 1
同项目期刊论文
期刊信息
  • 《厦门大学学报:自然科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:厦门大学
  • 主编:谢素原
  • 地址:厦门市思明南路422号厦门大学嘉庚三 817-819室
  • 邮编:361005
  • 邮箱:jxmu@xmu.edu.cn
  • 电话:0592-2180367 2187731
  • 国际标准刊号:ISSN:0438-0479
  • 国内统一刊号:ISSN:35-1070/N
  • 邮发代号:34-8
  • 获奖情况:
  • 多次被评为全国、华东地区、福建省的优秀科技期刊,2001年入选国家新闻出版总署评定的"中国期刊方阵",2003年获国家新闻出版总署颁发的"第二届国家科技...,2006年获国家教育部科技司颁发的"首届中国高校精...
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,美国剑桥科学文摘,美国生物科学数据库,英国科学文摘数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:16575