从系统的角度构建“世界水谷”协同创新系统,该系统包括政府、企业、高校、科研院所、金融机构5个子系统;通过回顾以往文献,构建基于BCC模型的多系统DEA模型,提出“世界水谷”协同创新效率测度模型——三阶段DEA模型,第一阶段为多系统DEA模型,第二阶段引入SFA模型,消除随机误差和环境因素的影响,第三阶段将结果代入第一阶段DEA模型得出最终效率值。模型同样适用于其他有关协同创新系统效率评价。