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原子-键电负性均衡方法融合进分子力场（ABEEM/MM）应用于蛋白质BPTI水溶液的分子动力学模拟
  • ISSN号：0023-074X
  • 期刊名称：《科学通报》
  • 时间：0
  • 分类：O641.12[理学—物理化学;理学—化学]
  • 作者机构：[1]辽宁师范大学化学化工学院,大连116029
  • 相关基金：国家自然科学重点基金资助项目（批准号：20633050和20403007）.致谢 感谢Jay William Ponder教授提供Tinker程序.
作者： 管清梅[1], 崔宝秋[1], 赵东霞[1], 宫利东[1], 杨忠志[1]
关键词： ABEEM/MM, 浮动电荷模型, BPTI水溶液, 均方根位移偏差, 径向分布函数
中文摘要：

利用ABEEM/MM浮动电荷模型对蛋白质BPTI分子的水溶液进行了分子动力学模拟,验证了模拟参数（包括ABEEM参数和力场参数）的正确性以及可转移性.结果表明,对蛋白质BPTI水溶液模拟所得的蛋白质中各类非氢原子的位置与实验晶体结构相比的均方根位移偏差较小,即模拟所得的BPTI结构与实验晶体结构具有较好的一致性;计算得到的径向分布函数表明,ABEEM/MM模型很好地体现了蛋白质和周围水分子的静电极化,并且溶质与溶剂之间强烈的氢键作用使溶液中BPTI分子的体积变大.

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期刊信息
  • 《科学通报》
  • 北大核心期刊（2011版）
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院
  • 主编：周光召
  • 地址：北京东黄城根北街16号
  • 邮编：100717
  • 邮箱：csb@scichina.org
  • 电话：010-64036120 64012686
  • 国际标准刊号：ISSN：0023-074X
  • 国内统一刊号：ISSN：11-1784/N
  • 邮发代号:80-213
  • 获奖情况:
  • 首届国家期刊奖,中国期刊方阵“双高”期刊,第三届中国出版政府奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘（网络版）,美国数学评论（网络版）,美国工程索引,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊（2004版）,中国北大核心期刊（2008版）,中国北大核心期刊（2011版）,中国北大核心期刊（2014版）,中国北大核心期刊（2000版）
  • 被引量:81792