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HIV-1 PR催化水解第3步机理的研究
  • ISSN号:1000-9035
  • 期刊名称:分子科学学报
  • 时间:0
  • 页码:301-304
  • 语言:中文
  • 分类:O641[理学—物理化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]沈阳化工学院数理系,辽宁沈阳110142, [2]辽宁师范大学化学化工学院,辽宁大连116029
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(20633050,20703022).
  • 相关项目:生物分子水溶液体系中非共价相互作用的理论研究-探讨其分子识别机理及质子和能量传递过程
中文摘要:

在B3LYP/6-31G(d)水平下研究了HIV-1 PR催化水解反应关键性的一步,即第3步反应.模型体系包括了活化位点的3个残基,Asp25(25′)-Thr26(26′)-Gly27(27′)主要参加反应的基团,构建了由69个原子组成的较大模型体系.进一步研究表明Thr26(26′)和Gly27(27′)在水解反应中只起到保持活化位点平面构型的作用,并未直接参与水解反应.另外,详细分析了第3步反应的分子内及分子间氢键.

英文摘要:

The third step of the hydrolysis mechanism for HIV-1 PR is investigated at the B3LYP/6-31G(d) level of theory.The model system contains the active site triad Asp25(25′)-Thr26(26′)-Gly27(27′),which constructs larger model system including 69 atoms.Our studies further indicate that the residues Thr26(26′)-Gly27(27′) do not participate in the catalysis directly,and they are only responsible for maintaining the planarity of Asp25(25′) motif.The Hbonds of the third step have been analyzed in detail.

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