幸福的科学研究在取得实质性进展的同时,也遭遇到其自身难以克服的“困难问题”。从心灵哲学角度所做的“诊断”表明,幸福科学研究中的错误在于:一是它把幸福这样一个典型的民间心理学概念原封不动地引入到科学研究当中;二是它背后隐含着一个错误的自然主义原则,即科学自然主义。这些错误为幸福科学的“困难问题”的解决增加了难度。然而,幸福科学提供了从心和脑这两个层面认识幸福的全新维度,为自然主义“幸福学”的建立提供了助力。自然主义的“幸福学”从描述性和规范性两个维度理解幸福,并以前者作为后者的经验基础,由此决定研究幸福的最好方法是“神经现象学”。