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mRNA可变剪接问题的并行化研究
  • ISSN号：1001-3695
  • 期刊名称：《计算机应用研究》
  • 时间：0
  • 分类：TP311.52[自动化与计算机技术—计算机软件与理论;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构：[1]中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心,北京100080, [2]中国科学院研究生院,北京100049
  • 相关基金：国家“863”计划资助项目（2002AA104540）;国家自然科学基金资助项目（60533020）;国家科技部资助项目（2005DKA64002）
作者： 牛北方[1,2], 郎显宇[1,2], 陆忠华[1], 迟学斌[1]
关键词： 可变剪接, AltSplice, 并行化, 表达序列标签(EST)序列库, 消息传送接口, alternative splicing, AhSplice, parallelization, EST（ expressed sequence tag） sequences data set, MPI（ message passing interface）
中文摘要：

对mRNA可变剪接问题进行了并行化分析和研究,解决了原AltSplice程序中Nbest参数选取欠合理的问题,结合实验实现了基于MPI平台的并行AltSplice版本MPI_AltSplice,并在5万亿次的联想深腾6800高性能计算机上获得了较好的运行性能。

英文摘要：

This paper conducted a parallel analysis and research on the alternative splicing of mRNA （messenger ribonucleic acid） , executed parallelization of AltSplice program and solved the original less reasonable Nbest parameters. At last, designed and realized MPI_AltSplice under the MPI environment. By tests on the Deepcomp 6800 supercomputer with peak performance 5.3Tflops,obtained the good speed-up and parallel efficiency.

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期刊信息
  • 《计算机应用研究》
  • 北大核心期刊（2011版）
  • 主管单位:四川省科学技术厅
  • 主办单位:四川省计算机研究院
  • 主编：刘营
  • 地址：成都市成科西路3号
  • 邮编：610041
  • 邮箱：arocmag@163.com
  • 电话：028-85210177 85249567
  • 国际标准刊号：ISSN：1001-3695
  • 国内统一刊号：ISSN：51-1196/TP
  • 邮发代号:62-68
  • 获奖情况:
  • 第二届国家期刊奖百种重点科技期刊,国内计算技术类重点核心期刊,国内外著名数据库收录期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,波兰哥白尼索引,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊（2004版）,中国北大核心期刊（2008版）,中国北大核心期刊（2011版）,中国北大核心期刊（2014版）,中国北大核心期刊（2000版）
  • 被引量:60049