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基于DNA池测序法筛选奶牛高信息量SNP标记的可行性
  • ISSN号:0253-9772
  • 期刊名称:《遗传》
  • 时间:0
  • 分类:Q75[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]北京市农林科学院畜牧兽医研究所,北京100097, [2]中国农业大学动物科技学院,畜禽育种国家工程实验室,北京100193, [3]鞍山恒利奶牛场,辽宁114200, [4]北京奶牛中心,北京100192
  • 相关基金:国家科技攻关计划项目(编号:2011BAD28B02),现代农业产业技术体系专项资金(编号:CARS-37),长江学者与创新团队发展计划项目(编号:IRT1191)和国家自然科学基金项目(编号:31172191)资助
中文摘要:

首先选择139个牛SNP标记,利用DNA池测序法,根据测序峰图中不同碱基信号峰高的比值确定了92个SNP为高信息量标记(比值>1/2);为了进一步验证筛选的准确性,对其中59个标记采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(Matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)技术检测了122头荷斯坦牛的基因型.结果显示,检出率高于85%的标记有56个,其平均最小等位基因频率(Minor allele frequency,MAF)为0.41,最小值为0.27,最大值为0.5; MAF>0.3的标记有54个,占96.4%(54/56).文章结果表明,采用DNA池测序法筛选高信息量SNP标记是可行和可信的.

英文摘要:

In this study, 139 bovine single nuclear polymorphisms (SNPs) were firstly selected and then directly sequenced using DNA pooling. Based on the ratio of two signal peak values, 92 SNPs with the ratio over 1/2 were considered as potential highly informative markers. To further verify the reliability of screening system, 59 SNP markers were genotyped in 122 Holstein cattle using matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) method. The results showed that 56 SNPs had a call rate higher than 85%. The minor allele frequency (MAF) of these 56 markers ranged from 0.27 to 0.5, with an average of 0.41; and in which 54 markers had a MAF over 0.3, covering 96.4% of this group of markers (54/56). Our findings indicate that direct sequencing of DNA pooling is a useful and efficient tool for identifying highly informative SNPs.

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期刊信息
  • 《遗传》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国遗传学会
  • 主编:张永清
  • 地址:北京朝阳区北辰西路1号院中国科学院遗传发育所
  • 邮编:100101
  • 邮箱:yczz@genetics.ac.cn
  • 电话:010-64807669
  • 国际标准刊号:ISSN:0253-9772
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1913/R
  • 邮发代号:2-810
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,《CAJ-CD》执行优秀奖,2008年12月获“中国精品科技期刊”证书和北京市印...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
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