云南闭壳龟(Cuora yunnanensis,Boulenger,1906)曾被认为已经灭绝,在保护生物学上受到广泛的关注.本文测定了3只活的云南闭壳龟线粒体COI和ND4的部分序列及His,Ser,Leu tRNA序列片段,共1725个碱基序列.结合闭壳龟属其他物种序列,包括之前测定的一只云南闭壳龟标本(MNHN1907.10)的DNA序列,进行了分子系统学分析.与100年前的标本比较,无论是形态还是分子系统分析结果都显示,这种新发现的活龟确实是云南闭壳龟.同时,我们的结果确证了标本序列的可信性,揭示云南闭壳龟不是近期杂交形成的,而是代表了进化上独立的遗传谱系,且种内仍存在一定的遗传多样性.