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离散蛙跳算法预测RNA二级结构
  • ISSN号:1673-291X
  • 期刊名称:《经济研究导刊》
  • 时间:0
  • 分类:TP301.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构;自动化与计算机技术—计算机科学与技术] Q7[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]福建农林大学计算机与信息学院,福建福州350002
  • 相关基金:福建省自然科学基金项目(2008J0316); 福建农林大学青年教师科研基金(2010018)
中文摘要:

针对RNA二级结构预测问题,提出了一种离散蛙跳算法,根据RNA分子折叠的特点,重新定义个体的移动距离和位置,并借鉴粒子群优化算法中的惯性权重加以改进,使算法在空间探索和局部求精间取得了很好的平衡.与同领域中著名的预测软件进行了仿真比较,结果表明新的算法具有较高的预测精度.

英文摘要:

A discrete shuffled flog leaping algorithm is designed for the RNA secondary prediction problem. According to the characteristics of RNA folding, new search space and individual location updating rules are redefined to search the RNA secondary structure with minimal free energy in the combinatorial space of stems. The algorithm is modified by the introduction of inertia weight in particle swarm optimization algorithm (PSO) to get good balance between exploration and exploitation. The simulation results compared with some typical algorithms from the literature show that it can pro- duce higher accuracy.

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期刊信息
  • 《经济研究导刊》
  • 主管单位:黑龙江出版集团
  • 主办单位:黑龙江省报刊出版有限公司
  • 主编:王渝
  • 地址:哈尔滨市道里区田地街100号
  • 邮编:150010
  • 邮箱:sunliyan63@sina.com
  • 电话:0451-86352437
  • 国际标准刊号:ISSN:1673-291X
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1533/F
  • 邮发代号:14-305
  • 获奖情况:
  • 2007、2009获第二届、第三届“北方优秀期刊奖”
  • 国内外数据库收录:
  • 中国国家哲学社会科学学术期刊数据库
  • 被引量:45705