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苏云金芽胞杆菌代谢网络的重构与结构分析
  • ISSN号:1000-2421
  • 期刊名称:《华中农业大学学报》
  • 时间:0
  • 分类:TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术] Q939.124[生物学—微生物学]
  • 作者机构:[1]江南大学信息工程学院,无锡214036, [2]华中农业大学农业微生物学国家重点实验室,武汉430070, [3]安徽省池州学院数学计算机科学系,池州247000
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(60474030)和华中农业大学农业微生物学国家重点实验室开放课题(AML-0404)资助
中文摘要:

代谢网络的研究是当前的一个新热点,越来越多的证据表明对代谢网络的拓扑结构进行分析有助于理解细胞的行为和生命现象。本研究首先从KEGG数据库中获取了苏云金芽胞杆菌的基因组与所有代谢途径信息,构建了基因-酶以及酶-反应的列表,并参照Ma和Zeng所建立的数据库对所得的列表进行必要的修正。然后,用节点表示代谢物,连线表示代谢物之间的反应,即用代谢物图来表示所得的代谢网络,该网络包含了830个节点,1132条连线。随后,基于代谢网络的蝴蝶结结构对该网络进行模块划分并提取了网络的最重要组成部分:巨强连通体。最后,分析了巨强连通体及其10个关键节点的生物学功能意义。

英文摘要:

The genome and all metabolic pathways of Bacillus thuringiensis were obtained from KEGG database,gene enzyme and enzyme reaction associations were constructed and revised these associations according to Ma and Zeng's Database. The metabolic network was reconstructed which has 830 nodes and 1 132 links is represented by so-called metabolite graph in which the nodes are metabolites and the links are reactions. Subsequently, the network was compartmentalized based on its bow tie structure and the most important part giant strong component (GSC) was distilled. At last, a functional analysis of GSC and the top 10 hubs with its biological signification was analyzed.

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期刊信息
  • 《华中农业大学学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:华中农业大学
  • 主编:张献龙
  • 地址:武汉洪山区狮子山街1号
  • 邮编:430070
  • 邮箱:hnlkxb@mail.hzau.edu.cn
  • 电话:027-87287364
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-2421
  • 国内统一刊号:ISSN:42-1181/S
  • 邮发代号:38-120
  • 获奖情况:
  • 1997年,获第二届全国优秀科技期刊二等奖,1999年,获全国高校自然科学学报及教育部优秀期刊...,2001年,选入新闻出版署期刊方阵“双百”期刊,连续三次入选教育部中国高校精品科技期刊,2009年,获全车高校科技期刊优秀编辑质量奖,2010年,被评为湖北省十大有影响学术期刊(自然科...,2012年获“第四届中国高校优秀科技期刊奖”及“第...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:22122