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RNA-Seq在果树学研究中的应用
  • ISSN号:1009-9980
  • 期刊名称:果树学报
  • 时间:2014
  • 页码:115-124
  • 分类:S66[农业科学—果树学;农业科学—园艺学]
  • 作者机构:[1]浙江大学果实品质生物学实验室·农业部园艺作物生长发育与品质生物学实验室,杭州310058
  • 相关基金:863项目(2013AA102606);国家自然科学基金(31030052,31071781);国家公益性行业(农业)科研专项(200903044,201203089)
  • 相关项目:MYB和bHLH对杨梅果实花青苷合成的转录调控及其机制研究
中文摘要:

RNA-Seq为植物功能基因组学研究的重要手段,近年来在果树上也有不少成功应用。应用这一技术,可获得高通量的转录本序列信息及表达量数据。本文首先简要介绍RNA—Seq研究背景及其在果实发育与品质形成、芽发育及其调控、果树胁迫响应等方面的应用概况,然后着重分物种追踪了柑橘、葡萄、香蕉、草莓、苹果、梨、桃、樱桃、杨梅、蓝莓这10个常见果树的30余个RNA—Seq实例,介绍了具体应用进展。最后就存在的测序成本和数据处理技术等问题以及测序平台和文库制备等方面的发展趋势进行了讨论。

英文摘要:

RNA-Seq has been developed as an important tool for studies on plant functional genomics, and has also been successfully applied in fruit research. Based on this technology, huge amounts of se- quence information and expression data can be obtained. Here the background of RNA-Seq as well as an overview of its applications in various aspects of fruit research, including fruit development and quality, bud development and stress responses, was briefly introduced. Then detailed progresses on citrus, grape, banana, strawberry, apple, pear, peach, sweet cherry, Chinese bayberry, and blueberry were reviewed based on over 30 RNA-Seq studies. Finally, the current problems encountered, such as sequencing cost and data mining, were discussed, and the trends for RNA-Seq technique, such as development of se- quencing platforms and library construction strategies, were summarized.

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期刊信息
  • 《果树学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:农业部
  • 主办单位:中国农业科学院郑州果树研究所
  • 主编:王志强
  • 地址:河南省郑州市航海东路南中国农业科学院郑州果树研究所
  • 邮编:450009
  • 邮箱:chinagsxb@163.con
  • 电话:0371-65330928 653387308
  • 国际标准刊号:ISSN:1009-9980
  • 国内统一刊号:ISSN:41-1308/S
  • 邮发代号:36-93
  • 获奖情况:
  • 获河南省优秀期刊二等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:18699