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细粒棘球蚴TSP1和TSP6基因的克隆及生物信息学分析
  • ISSN号:1000-7091
  • 期刊名称:《华北农学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]石河子大学动物科技学院,新疆石河子832003, [2]中国农业科学院兰州兽医研究所,甘肃兰州730046
  • 相关基金:国家公益性(农业)行业专项(201303037);国家国际科技合作项目(2014DFR31310);新疆自治区研究生科研创新项目(No.XJGR12014059)
中文摘要:

为了研究绵羊细粒棘球蚴重要抗原基因 Tetraspanin 1-TSP1( TSP1)和 Tetraspanin 1-TSP6( TSP6)的功能,对GenBank中 Eg基因组数据库检索,获得 TSP1和 TSP6的 cDNA序列并设计特异性引物。以 Eg头节为总 RNA 模板,进行 RT-PCR,将 PCR产物克隆到 pMD19-T载体后测序并进行生物信息学分析。TSP1 cDNA 全长792个核苷酸,编码263个氨基酸,该多肽含有3个潜在的 N端糖基化位点,2个 N 端酰基化位点,与已登录的标准株 TSP1基因序列(EG 11043)同源性为98.99%,其推导的氨基酸序列同源性为98.48%;TSP6 cDNA 全长666个核苷酸,编码221个氨基酸,该多肽含有5个 N 端酰基化位点,1个酪氨酸激酶磷酸化位点,与已登录的标准株 TSP6基因序列( EG 00715)同源性为98.18%,其推导的氨基酸序列同源性为85.07%。运用分子生物学软件对 Eg TSP1和 TSP6基因进行生物信息学分析,预测已知序列的蛋白质抗原的结构和表位,为疫苗的研发奠定了前期基础。

英文摘要:

In order to study the function of two important antigen genes tetraspanin 1-TSP1( TSP1 )and tet-raspanin 1-TSP6(TSP6),primers derived from Echinococcus granulosus genome database in GenBank were designed and the open reading frame( ORF)sequences of TSP1 and TSP6 were cloned by RT-PCR from hydatid protoscolex. Then they were cloned into pMD19-T vector for bioinformatics analysis. The results indicated that the TSP1 cDNA contains 792 nucleotides. The deduced protein consisted of 263 amino acids and has three N-glycosylation sites,two N-acylation sites. The gene sequence showed about 98. 99% identity with the TSP1(EG 11043)reported and the induced amino acid sequence showed about 98. 48% identity. The TSP6 cDNA contains 666 nucleotides. The de-duced protein consisted of 221 amino acids and has five N-acylation sites,one Tyrosine kinase phosphorylation sites. The gene sequence showed about 98. 18% identity with the TSP6(EG 00715)reported and the induced ami-no acid sequence showed about 85. 07% identity. The study carried out bioinformatics analysis of the TSP1 and TSP6 gene of Eg by molecular biology software to predict the structure and epitope of protein antigens known and laid a good foundation for the preparation of developing a vaccine.

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期刊信息
  • 《华北农学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:河北省农林科学院
  • 主办单位:山西省农业科学院 山西省农学会 河南省农业科学院 河南省农学会 天津市农业科学院 天津市农学会等
  • 主编:王海波
  • 地址:石家庄市和平西路598号
  • 邮编:050051
  • 邮箱:hbnxb@163.com
  • 电话:0311-87652166
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-7091
  • 国内统一刊号:ISSN:13-1101/S
  • 邮发代号:18-10
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,全国综合性农业核心期刊,中国科学引文数据库核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:32962