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QTLNetworkR： an interactive R package for QTL visualization

ISSN号：1673-1581
期刊名称：《浙江大学学报：B卷英文版》
时间：0
分类：Q348[生物学—遗传学]
作者机构：[1]Institute of Bioinformatics, Zhejiang University, Hangzhou 310029, China, [2]Queensland Institute of Medical Research, Brisbane, Queensland 4006, Australia
相关基金：Project supported by the National Basic Research Program （973） of China （No. 2008CB 117002）, the Ministry of Agriculture Public Benefit Research Foundation of China （No. 200803034）, and the National High-Tech R ＆ D Program （863） of China （No. 2006AA10A102） Acknowledgement We thank Dr. Guo-bo CHEN （Department of Agronomy, Zhejiang University, China） for his helpful comments.

作者： Wen-jun ZHENG[1], Jian YANG[2], Jun ZHU[1]

关键词：关键词可视化, 量的特点, loci, (QTL, ), QTL, 印射, R, 包裹, QTLNetworkR, Visualization, Quantitative trait loci （QTL）, QTL mapping, R package, QTLNetworkR

中文摘要：

QTLNetworkR 是试图提供一个用户友好、与平台无关的工具设想印射结果的量的特点 loci (QTL ) 的一个 R 包裹。QTLNetworkR 的图形的功能在格子和格子包裹之上被基于，并且 QTLNetworkR 的图形的用户接口(图形用户界面) 在 RGtk2 和 gWidgetsRGtk2 包裹之上被造。六个函数被设计帮助设想标记间隔，通常认为的 QTL， QTL-by-environment 相互作用，标记间隔相互作用， epistasis，和复杂特点的预言的基因体系结构。它在在多重环境为多重特点介绍结果是特别有用的。QTLNetworkR 的当前的版本能接受从 QTLNetwork 印射结果的 QTL，并且它准备让可能的延期从印射软件包裹的一些另外的 QTL 进口结果。另外，我们介绍了作为一个例子在米饭(Oryza sativa ) 印射结果描述 QTLNetworkR 的特征的 QTL。关键词可视化-量的特点 loci ( QTL )- QTL 印射- R 包裹-国家 Basic 支持的 QTLNetworkR CLC 数字 Q348 工程中国(号码 2008CB117002 )的研究节目( 973 )，中国(号码 200803034 )的农业公共利益研究基础的部，并且中国(号码 2006AA10A102 )的国家高技术 R 与 D 程序( 863 )

英文摘要：

QTLNetworkR is an R package that aims to provide a user-friendly and platform-independent tool to visualize quantitative trait loci （QTL） mapping results. The graphical functions of the QTLNetworkR are based upon lattice and grid packages, and the graphical user interface （GUI） of the QTLNetworkR is built upon RGtk2 and gWidgetsRGtk2 packages. Six functions are designed to help visualize marker interval, putative QTL, QTL-by- environment interactions, marker interval interactions, epistasis, and the predicted genetic architecture of complex traits. It is especially helpful in profiling results for multiple traits at multiple environments. The current version of QTLNetworkR is able to accept QTL mapping results from QTLNetwork, and it is ready for possible extensions to import results from some other QTL mapping software packages. In addition, we presented a QTL mapping result in rice （Oryza sativa） as an example to describe the features of QTLNetworkR.

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