以5株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)疫苗株(D41、H120GD、H120SH、H52BJZH和H52GD株)和IBV标准强毒M41-E4株的基因组RNA为模板,利用RT-PCR技术,扩增出1条特异性条带,包括部分核衣壳蛋白(N)基因以及紧接着N基因下游的基因组3'端非编码区(UTR)。测序结果表明,从D41、H120GD和H120SH株扩增的特异性片段长度为614bp;而从H52BJZH、H52GD和M41-E4株扩增的特异性片段长度为406bp。序列分析发现,被检的6株IBV毒株可分为两组,其中D41、H120GD和H120SH株为一组,核苷酸序列同源性为99.7%-99.8%;而H52BJZH、H52GD和M41-E4株构成另一组,其核苷酸序列同源性为99.3%-100%;两组之间的最大同源性仅为94.6%。在系统性发生进化树上,这两组分别位于不同的分支簇上,国内的H52BJZH、H52GD与国外的H52株不在同一分支簇上,相反却与国内强毒M41-E4株以及国外M41株在同一分支簇上。提示国内H52疫苗株与国外H52疫苗株不同,它们在亲缘关系上更靠近M41-E4株和M41株。