目前,植物基因组学研究中SSR标记的应用较为活跃。该种标记具有近于均匀覆盖基因组、多态性高等优点,在植物高密度遗传图谱绘制、DNA指纹图谱构建、种系纯度与亲缘关系鉴定以及植物遗传进化方面具有公认的优越性。不足之处在于位点特异性SSR标记的建立先要根据微卫星侧翼序列进行引物设计,所以引物的高开发成本一直是非商业化物种SSR标记遗传研究的主要障碍,而且很多根据检索得到的引物的多态性效果不佳,因此寻找一种快速廉价的引物筛选方法已成为SSR应用的热点问题。这几年开发出了多种基于SSR标记的方法,如ISSR、SAMPL等。